Marker-based estimation of effective population size: Application to the conservation of indigenous African cattle population

In extensiven Produktionssystemen fehlen oft Populationsdaten von Nutztierrassen und somit Angaben zu deren Gefährdungsstatus. Das Projekt untersucht die Anwendbarkeit molekularer Methoden zur Herleitung der Populationsgrösse.

Fiche signalétique

  • Département HESB|Haute école des sciences agronomiques,forestières et alimentaires
  • Pôle de recherche Systèmes de production agricole économes en ressources
  • Champ de recherche Production animale et détention de chevaux
  • Durée 21.02.2007 - 31.12.2010
  • Responsable du projet Christine Flury
  • Direction du projet Christine Flury
  • Équipe du projet Christine Flury
  • Partenaires - établissements de recherche, y c. BFH Institut für Tierzucht und Haustiergenetik, Universität Göttingen
    Internationl Livestock Research Centre (ILRI), Nairobi, Kenya
  • Mots-clés Animal genetic resources, effective population size, SNPs, research for development

Contexte initial

In extensiven Produktionssystemen sind Populationsdaten von Nutztierrassen oft nicht vorhanden. Dies hat zur Folge, dass keine Angaben zu deren Gefährdungsstatus gemacht werden können. Um diese Lücke zu schliessen wird im vorliegenden Projekt die Anwendbarkeit von molekularen Methoden für die Herleitung der effektiven Populationsgrösse am Beispiel von afrikanischen Rinderrassen untersucht.

But

Evaluation of the proposed methods and their applicability for conservation activities. The overall objective of the project is an improved monitoring of livestock populations in Africa.

Résultat

For all three breeds derivation of effective population size using the information from LD was possible. In the reference population the estimates for recent Ne using pedigree information were slightly higher than the marker based estimates. All three breeds showed a drastic drop in recent Ne. For conservation activities, requiring knowledge on recent population history using physical map distances directly for the estimation of effective population is adequate.